Известно, что 1С не позволяет выгрузить базу через конфигуратор, если в базе присутствуют пользователи.
С файловым вариантом вопрос решался простым копированием файла данных .1cd
Когда работаешь с SQL сервером такой фокус не проходит.
Но есть очень простое решение:
Нужно в администрировании серверов 1С создать еще одну информационную базу с теми же настройками что и основная но другим именем.
Далее в список баз 1С добавляем новую базу со ссылкой на зеркало.
Заходим в конфигуратор и спокойно выгружаем .dt
