Столкнулся со странным глюком 1С. В свойствах формы есть поле "РазрешеноЗакрытиеФормы". Отвечает за наличие крестика в правом верхнем углу формы. Так вот при сравнении и объединении конфигурации это свойство не переносится. Специально проверил несколько раз. Может, конечно, дело в конкретном релизе (У меня 8.2.17.169) - в дальнейшем проверим.